1937年抗战爆发，陈寅恪短短时间内同时承受了丧父和右眼失明的痛苦。女儿回忆，父亲放弃了右眼视网膜手术，放弃了复明的希望，因为他只想尽快离开沦陷区。

　　离开北平前，陈寅恪把他的藏书寄往将要去的长沙。当书到长沙，就悉数被毁于战火。他随身携带的常用书籍，亦在绕道去昆明的路上，大量被盗。他日后的学术研究，将主要依靠记忆了。

　　就在这样几乎没有参考书籍的情况下，陈寅恪完成了两部中古史名著——《隋唐制度渊源略论稿》和《唐代政治史述论稿》。

　　在四川李庄时，傅斯年为照顾陈寅恪，让邓广铭住他楼下，说陈先生若有事跺下地板，你就马上跑去。每次邓广铭跑上楼看，陈寅恪都是躺在床上呻吟，说自己的身体快不行了，快坚持不住了，但是他说，“我不写完这两稿，我不死。”

　　流亡途中的工作条件惊人恶劣，在挡不住风雨的茅草房里，陈寅恪就着箱子，汗流浃背地坐在小凳上写文章。为了给他补充点营养，家里养了一只母羊，他在下课后带着女儿放羊，父女闲聊着走过山间小路，那是他难得的愉悦时刻。

　　1944年12月12日，陈寅恪的唐代三稿中的最后一篇《元白诗笺证稿》完成了。就在这天早上，他起床后痛苦地发现：他的左眼也看不清了。他在成都的医院做了眼科手术，手术没有成功。半年后二战结束，牛津大学请他赴伦敦治疗眼疾，数月奔波，他的双目还是没能复明。

　　远在美国的胡适把西方医生的最后诊断结果写信告知陈寅恪。他在当天的日记中写道：“我写此信，很觉悲哀。”

　　57岁的陈寅恪由人搀扶着重回清华园，他已失去学者治学读书第一需要的双眼。没有人可以了解，失明对于陈寅恪是一种怎样的毁灭，因为倔强的他没有留下任何文字泄漏内心的痛楚。在学生们的记忆里，过去陈寅恪上课讲到深处，会长时间紧闭双眼，但他盲后，永远睁大着眼睛讲课，目光如炬。

　　1953年，病中的陈寅恪收到了学生蒋天枢寄来的长篇弹词《再生缘》，听后大受震动。尚未病愈的他用口述的方式，撰写《论再生缘》，由此开始探索明清历史和文化。

　　当陈寅恪沉浸于新的学术领域时，中国科学院拟请他出任历史研究所二所的所长。他拒绝了。《对科学院的答复》一文中，起首便是：我的思想、我的主张完全见于我所写的王国维纪念碑的碑文中。这篇广为流传的碑文里，陈寅恪表达了这样的思想：读书治学，只有挣脱了世俗概念的桎梏，真理才能得以发扬。他提出“不要先存马克思主义的见解，再研究学术”，在那个年代是惊世骇俗的。

　　《论再生缘》完成了，但无法正式出版，陈寅恪只能请人用蜡版刻印，分送友人。他在文末题诗：文章我自甘沦落，不觅封侯但觅诗。这是他心境和志趣的隐喻。

　　1958年，陈寅恪已成学术界“拔白旗”的对象。他不再教课。他说：“他们不要我的东西，不是我不教。”他依然坚持用文言文写作，坚持用繁体字竖排出版自己的著作。

　　1961年8月，阔别12年的挚友吴宓来访。陈寅恪把《论再生缘》油印本作为礼物送给吴宓，还透露了自己正在撰写的一部宏伟著作的大纲，这就是后来的《柳如是别传》。

　　书写得很艰难。为了这部85万言的百科全书，陈寅恪用去整整10年。柳如是的遭际，触动了他对经历了洋务运动、戊戌变法和抗日战争的家族以及自己身世的感怀。这部“痛哭古人，留赠来者”的书，忽庄忽谐，亦文亦史，极其丰富的史料与穿插其间的陈寅恪的感悟融为一体，浓缩了他一生的学养和志趣。也许，晚年的陈寅恪是以这种智力较量来安慰他那寂寞的心境。

　　《柳如是别传》完成于1964年，陈寅恪74岁。五年后，1969年10月7日，陈寅恪走完了他79岁的生命历程。弥留之际，他一言不发，只是眼角不断流泪。

　　陈寅恪没有留下遗嘱。（《文汇报》4.21）